تُعد وكالة ضمان الجودة إحدى الوكالات التابعة لعمادة التطوير والجودة، والمنوط بها ضمان الجودة على مستوى الجامعة، متبعة في ذلك منهجية تقوم على عناصر ثلاث أساسية هي إدارة الجودة وضمانها وتحسينها، في إطار منظومة متكاملة تقوم عليها مجموعة من العمليات الإدارية والأكاديمية، بما يقود لمخرجات مستهدفة تعبر عن مجالات العمل الجامعي في التدريس والبحث العلمي وخدمة المجتمع، لتنتهي هذه المنظومة بتغذية راجعة لجودة المخرجات بما يقود إلى التطوير المستمر لجوانب القوة والتحسين للجوانب التي تحتاج إلى علاج، هذا وتمارس الوكالة عملها وفقا لمعايير المركز الوطني للاعتماد والتقويم في ضمان الجودة، مستخدمة مجموعة من أدوات التقييم المحكمة عبر سلسة من المراجعات الداخلية واستطلاعات الرأي ومؤشرات الأداء ونواتج التعلم، ورغبة منها في تحقيق الاستفادة القصوى من أنشطتها، تُتابع الوكالة استكمال التقارير السنوية عن نتائج عمليات ضمان الجودة وترفعها للجان المختصة لاعتمادها وتعميمها على الجهات المختلفة بالجامعة.
