في عام 1435 هـ اصدر قرار معالي مدير الجامعة رقم 649 بتاريخ 12/10/ 1434هـ بفصل الإدارة العامة للتشغيل والصيانة من الإدارة العامة للمشروعات والشؤون الفنية لتكون إدارة مستقله تحت مسمي الإدارة العامة للتشغيل والصيانة تابعة لوكالة الجامعة ويكمن دورها في المحافظة على منشأة ومرافق الجامعة في حالة سليمة وأمنة وتهيئة البيئة المناسبة لقطاعات الجامعة المختلفة للقيام بالأدوار الموكلة لها على أكمل وجه