كان البدء بإنشاء الكلية انطلاقا من التوجيهات السامية بالتوسع في إنشاء جامعات وكليات في مختلف مناطق المملكة وضرورة استيعاب الطلاب الراغبين في الالتحاق في مختلف التخصصات نظرا لتزايد أعداد خريجي الثانوية في هذه المحافظة والمحافظات المجاورة لها, حيث بلغ عدد طالب الثانوية العامة 2436 طلاب في عام 1425.
تم إنشاء كلية العلوم الطبية التطبيقية بمحافظة المجمعة بتاريخ 18/1/1428 تابعة لجامعة الملك سعود ثم ضمت لجامعة المجمعة التي أنشأت بأمر ملكي في 3 رمضان 1430 الموافق 3 أغسطس 2009, وتوجت مسيرة الجامعة بصدور الأمر الملكي بتاريخ 30 ذو الحجه 1430 الموافق 17 ديسمبر 2009 بتعيين معالي الدكتور خالد بن سعد المقرن كأول مدير للجامعة.