أنشئت وكالة الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي عام 1431هـ؛ لتضطلع بمهام البحث العلمي وبرامج الدراسات العليا بالجامعة تحقيقا للريادة والتميز في البحث العلمي، والصدارة في برامج الدراسات العليا لإعداد كوادر وطنية متميزة علميا وأكاديميا وبحثيا ومهنيا؛ للوصول بالجامعة إلى مصاف الجامعات المرموقة عالميا.
وتضطلع الوكالة بنشر ثقافة البحث العلمي، وتناول قضايا المجتمع ومشكلاته، وتحفيز منسوبي الجامعة على الإنتاج العلمي الرصين، وتشجيع النشر العلمي الدولي والترجمة، والاهتمام بأخلاقيات البحث العلمي، وتوفير مصادر المعرفة والمعلومات المتجددة، وذلك انطلاقا من مهام العمادات التابعة للوكالة، ومراكز البحوث الثلاثة، ومركز النشر والترجمة.
كما تضطلع الوكالة بشؤون التنمية المهنية والأكاديمية المستدامة لأعضاء هيئة التدريس ومن في حكمهم، والعمل على استقطاب كفاءات وطنية مخلصة تساهم في تنمية المجتمع وذلك انطلاقا من مهام المجلس العلمي، إضافة إلى الإدارات والوحدات المرتبطة بالوكالة كإدارة الابتعاث والتدريب، وإدارة الكراسي البحثية، ووحدة المؤتمرات والندوات، وإدارة الجمعيات العلمية.
وتهتم الوكالة بإبرام الاتفاقيات المحلية والدولية بما يخدم العملية التعليمية من خلال إدارة التعاون الدولي.
كما تهتم الوكالة بتفعيل الشراكة بين الجامعة والمجتمع لتحقيق الإثراء المتبادل. كما تعطي الوكالة أهمية كبرى لاكتشاف الطلاب الموهوبين ورعايتهم، وتحويل الأفكار المبتكرة إلى منتجات ذات قيمة اقتصادية بمشاركة الشركات ورجال الأعمال وذلك استنادا إلى مهام مركز الابتكار والأفكار الطلابية المتميزة، ووحدة حماية حقوق الملكية الفكرية وترخيص التقنية.